冷凍干燥機通過冷卻降溫，這是壓縮空氣中的水蒸氣凝結成水滴，從而降低水分含量。冷凝液滴通過自動排水系統排出機器。只要干燥器出口下游管道的環境溫度不低于蒸發器出口的露點溫度，就不會發生二次冷凝。
冷凍干燥機的簡要操作流程如下：
一：冷凍前準備
1、材料應均勻地放置在材料托盤中，材料厚度不應超過10mm。材料溫度傳感器應放置在材料的適當位置并固定。
2、將盛有物料的托盤放在凍干架上，然后放入冷井中，蓋上保溫蓋。
3、打開總電源開關。冷凍干燥結束后，如需向干燥室充入氮氣（或其他惰性氣體），應先將排水口的氮氣充入冷井室，沖洗排水口管，然后關閉排水口閥門。
二：物料預凍結
物料的預凍是冷凍干燥過程中的關鍵步驟，預凍過程的質量直接影響產品的質量。物料預凍結過程可分為慢速凍結和快速凍結。用戶可根據具體需要靈活操作設備，實現物料的有效預凍。例如：
1、緩凍：將準備好的物料放入冷井中，蓋上保溫蓋，打開壓縮機，開始預凍；
2、速凍：先打開壓縮機，等待冷井室溫度下降到一定溫度，然后將準備好的物料放入冷井，開始預凍；
三：冷凍干燥操作
1、預凍結束后，關閉放水進水閥。
2、材料架從冷井室提出，放在備用活動硬塑料盤上（均放在冷井室上方），然后蓋好有機玻璃蓋。如果物料被壓蓋裝置冷凍干燥，則在物料被預冷凍后，迅速將物料從預凍架轉移到壓蓋裝置的貨架上，壓蓋蓋好。
3、系統在設備操作面板上運行。按“真空泵”鍵，真空泵工作，按“真空表”鍵，顯示真空度。待真空度達到30Pa左右后，按“加熱”鍵開始冷凍干燥過程，干燥開始按預設的工藝程序進行。
四：關機操作
1、打開冷凍干燥機的排水進水閥，使空氣（或氮氣等惰性氣體）緩慢進入冷井室內（真空度顯示數字恢復），按真空泵鍵停止真空泵。
2、依次按“真空表”和“壓縮機”鍵，關閉真空表和壓縮機。
3、如果是壓蓋系統，順時針旋轉有機玻璃氣缸上的操作桿，直到按下三層瓶塞。之后，逆時針旋轉手柄，恢復托盤位置，為下一步取出托盤做準備。
4、取下有機玻璃蓋，取出物品存放。
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